De geslachtsbepaling kan alleen maar bij kerkuilen met nagenoeg volgroeide vleugels. Pas enkele jaren weten we dat de vleugeltekening mede afhankelijk is van de sekse van de vogel. Een extra kenmerk bij het broedende vrouwtje is nog de broedvlek.

Er zijn meerdere kenmerken die het verschil in geslacht lijken aan te geven maar de meeste kenmerken vertonen toch een overlap, dus geven geen 100% zekerheid. Er is sinds kort echter ontdekt dat de buitenste bandjes van pen 8 en 10 bij mannen en vrouwen verschillen zonder enige vorm van overlap. De bandjes aan het uiteinde van de handpennen 8 en 10 zijn bij alle mannetjes smaller dan 7,5 mm en bij alle vrouwtjes breder dan 7,5 mm.

Een extra aanduiding is:
Bij de kerkuil man tonen de zwarte veerstrepen zich over de uitgespreide vleugel als een geblokt patroon.
Bij de kerkuil vrouw lijken de zwarte bandjes op de veren bij een uitgespreide vleugel meer als een streep over de vleugel te lopen.
Het patroon van de kerkuil op de foto is meer geblokt en duidt dus op een man.